课程与教学论是一门新兴的学科，属教育学的二级学科。课程与教学论是高等教育研究所成立后较早设立的学科专业，于2003年正式获得硕士学位授予权，2005年开始招收硕士学位研究生。它的设立弥补了吉林大学在教育学科发展上的空白。到2010年9月该专业已经招收硕士学位研究生18人，授予硕士学位10人。
经过近6年的积累，课程与教学论专业获得了长足的发展。教师队伍实力明显增强，所有的专任教师均为“985工程”高校或“211工程”高校的毕业或在读博士。该专业聘请马云鹏、傅维利、孔凡哲、陈旭远、崔贞姬、刘伟华、钟绍春、张旺等国内著名学者为兼职教授。近年来，该专业科研水平稳步提高，主持承担了吉林省教育科学十五规划课题、全国基础教育中心基金项目、全国教育科学“十一五”教育部规划课题等多项研究课题，在《现代教育科学》、《外国教育研究》、《心理科学》、《教育科学》、《吉林教育科学》、《东北师大学报》、《现代中小学教育》等著名的期刊上发表论文，其中多篇被《中国人民大学复印资料》转载。在做好本学科硕士研究生培养和课程与教学研究的基础上，课程与教学论学科专业的师生积极参与吉林大学的改革与发展，努力做好决策咨询服务工作，先后参与了学科建设，本科教学评估、吉大附中教学与改革等活动，获得了有关部门领导的认可。
吉林大学课程与教学论专业，旨在积极探索综合性大学课程与教学论专业人才培养的创新模式，着力培养服务于教育科研机构、教育行政部门、企业培训部门、高等院校和中小学课程与教学实践、课程与教学研究与管理，以及课程与教学信息化建设的专门人才。
此研究方向致力于大学课程、教学、教师、学生发展以及大学教育教学改革中的理论和实践问题的研究。力图建设有中国特色的大学课程与教学论的理论体系。
此研究方向致力于中小学课程、教材、教学理论与实践研究。我们在该领域已经形成了自己的研究特色，在全国产生了一定的影响。
此研究方向主要致力于大、中、小学师生、企事业单位员工、军人等社会群体的心理成长的研究。我们已经取得了丰厚的成果，目前正在着力在心理潜能开发等方面打造我们专业教学与研究的特色。
此外，吉林大学高教所课程与教学论研究室与吉林大学附属中学多年来建立了长期的良好关系。为了发挥各自优势，建立灵活的学术研究机制，营造高水平的科研平台，拟联合成立“吉林大学课程与教学论研究中心”。中心是专门从事课程理论、教学论和教学改革研究的专业性研究机构；致力于课题开发、研究、推广等工作，组织研究中心的学术活动，推动校内外的学术交流，并积极参与硕士研究生培养，提升硕士培养能力；中心实行开放性，吸纳校内各学院课程与教学论教师参加，机构由各学科研究室组成，现有研究人员34人，设立基本理论研究室、思政研究室、语文研究室、数学研究室、物理研究室、化学研究室、生物研究室、英语研究室、历史研究室、地理研究室和心理研究室。今后将积极努力把把吉林大学课程与教学研究推向一个新的阶段，把它建设成为省内一流，在国内具有一定学术影响力的学科。