高等教育学是高等教育研究所成立后最早设立的学科专业，于2001年正式获得硕士学位授予权，2002年开始招收硕士学位研究生。它的设立弥补了吉林大学在教育学科发展上的空白。到2010年9月该专业已经招收硕士学位研究生86人，授予硕士学位66人。

经过近10年的积累，高等教育学专业获得了长足的发展。教师队伍实力明显增强，现有教授2人，副教授2人，讲师1人，所有的专任教师均为“985工程”高校或“211工程”高校的博士学位获得者。该专业聘请了潘懋元、邬大光、刘海峰、王伟廉等国内著名学者为兼职教授。近年来，该专业科学研究水平稳步提高，主持承担了教育部重点课题、教育部人文社科课题、全国教育科学规划课题等多项研究课题，在《高等教育研究》、《中国高教研究》、《复旦教育论坛》、《吉林大学社会科学报》、《社会科学战线》和《光明日报》等著名的期刊和报纸上发表论文，其中多篇被《新华文摘》、《中国社会科学文摘》、《高等学校文科学术文摘》、《人大复印报刊资料》等转载。在做好本学科专业硕士研究生培养和高等教育科学研究的基础上，高等教育学学科专业的师生积极参与吉林大学的改革与发展，努力做好决策咨询服务工作，先后参与了“吉林大学事业发展战略规划”、“985工程”重点建设项目等多项重要的咨询服务和院校研究工作，获得了学校的认可。

本学科专业十分重视对外学术交流工作，不仅积极鼓励和派出教师参加国际国内的高等教育学术会议，而且还诚邀了潘懋元、邬大光、柳海民、刘海峰、张斌贤、胡建华、阎光才、别敦荣、胡弼成等一批国内著名学者来所做学术报告，交流学科专业建设经验。

本专业下设三个主要方向：

1、高等教育理论。通过综述目前高等教育发展与研究现状，进一步探问高等教育理念，深入分析高等教育特征，明确高等教育功能，以期寻找高等教育发展规律。

2、高等教育管理。主要内容：从总体上把握高等教育管理的实质、目标、原则，解析高等教育资源的控制、分配和利用过程的规律，重点研究宏观管理与微观管理的主体、途径、方式等。

3、比较高等教育。在总体把握国外高等教育发展的历史脉络、发展进程、未来趋势的基础上，对异国的管理理念、管理体制、管理机制、管理途径等作出比较，为中国高等教育尤其是大学发展提供可资借鉴的经验。

目前，高等教育学专业已在“现代大学制度”、“学术评价”、“院校研究”等方面形成了一定的研究特色。本学科专业的发展目标主要有：一是在未来一个时期内，把“大学改革与发展战略研究”作为未来研究的主要方向，为当代大学改革与发展提供更强有力的人力及理论支持；二是积极努力将“大学改革与发展战略研究中心”建设成为吉林省重点学科。