吉林大学档案馆是2000年合校后由原吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院、中国人民解放军军需大学的档案馆（室）组建而成。学校校史馆、黄大年纪念馆建成后，归属档案馆，与档案馆实现“三馆合一”的管理模式。

档案馆现有总建筑面积约5000平方米（其中校史馆、黄大年纪念馆约2000平方米）,主要办公地点为中心校区逸夫图书馆楼。馆内设9个科室，分别为综合科、档案管理科、档案利用科、档案立卷指导科、档案信息科、特色档案科、校史馆管理科、校史编研科、黄大年纪念馆办公室。

档案馆现保存学校各类档案共计10个全宗45万余卷，并且以每年约2万卷档案进馆的速度递增。馆藏档案主要划分为党群、行政、教学、科研、产品、基建、设备、出版、外事、财会等十个门类。同时还设有声像、实物、人物等三个一级类目。各类档案主要来源于学校各单位在教学、科研、管理等工作中直接形成的档案材料，也包括外来捐赠和对外征集的具有保管价值的档案材料。

近年来，档案馆不断加强制度建设，出台了《吉林大学档案工作管理办法》《吉林大学档案分类暂行规定》等7项校级档案工作管理规定，《档案馆办公会议制度》《档案馆库房管理制度》等16项内部管理办法。加大档案收集力度，设有覆盖全校的档案管理网络，采取定期培训和“一对一”上门指导等方式开展立卷指导工作，不断丰富馆藏，提高归档质量。积极开展档案数字化工作，已完成数字化档案48万余份，扫描全文档案120万余张。深入挖掘校史资源，开展校史研究工作，出版《吉林大学校史》《吉大荣耀》《吉大史话》等校园历史文化丛书，举办了唐敖庆、林枫、古大存等校史人物专题纪念展览等。

“见证历史服务现在着眼未来”，档案馆将按照“依法治档、安全护档、高效用档、研究强档、开放活档”的工作理念，扎实做好档案的收集、保管、开发与利用工作，不断推进我校档案工作迈向新的台阶，为学校推进“双一流”建设，为学校的各项事业发展做好基础服务。